1、控制复杂
整个印前出版流程由组版、拼大版、发排输出、数码打样、CIP3油墨预置数据生成和博恒系统等独立的分系统组成，管理和控制环节多，流程的一致性不好，质量难以控制。
2、格式不兼容
由于当时技术条件和标准的限制，PS格式的文件须经RIP解释成TIFF文件进行输出，有时会出现无法解释、内嵌EPS拼版出错等非经常性错误，而此时，高精度的PDF格式已成为印刷业的主流文件格式，客户送来的文件也经常采用PDF格式，但这种格式的文件必须进行转换才能在博恒系统中应用，且有时印刷出来的效果与客户的要求有所差异，容易导致质量纠纷。
3、不利于升级与相关软件的开发
以RIP技术为核心的博恒系统在控制CTP、印刷色彩时比较复杂，不便于节墨系统的开发应用。近几年，软件开发商也停止了对博恒系统的升级和维护。
